Pymol Apbs Binario Options

Calcolo elettrostatica Adaptive Poisson-Boltzmann Solver (APBS) è un pacchetto software per la modellazione biomolecolare solvation risolvendo l'equazione di Poisson-Boltzmann (PBE). Il PBE è un modello continuo popolare usato per descrivere le interazioni elettrostatiche tra soluti in acqua salata, mezzi acquosi. elettrostatica Continuum svolge un ruolo importante in diverse aree della simulazione biomolecolare, tra cui: Simulazione di processi diffusivi per determinare ligando-proteina e proteina-proteina cinetica di legame, impliciti dinamica molecolare solventi di biomolecole, solvatazione e calcoli energia di legame per determinare ligando-proteina e proteina - Concentrati equilibrio costanti di legame e l'aiuto nella progettazione razionale dei farmaci, e gli studi di titolazione Biomolecolari. APBS stato progettato per valutare efficientemente proprietà elettrostatiche per tali simulazioni per una vasta gamma di scale di lunghezza per consentire la ricerca di molecole con decine di milioni di atomi. Forniamo anche modelli di solventi impliciti di solvatazione non polare che rappresentano con precisione sia per le interazioni repulsive e attraenti soluto-solvente. Come calcolare Elettrostatica: Dopo aver impostato le vostre strutture attraverso le strutture Ottenere pagina pronto, verrà visualizzato un link per eseguire i risultati con il web risolutore APBS. Seguire questo link e sarete indirizzati alla pagina web APBS. Comunicato stampa per eseguire APBS utilizzando il file di input generato dal server web PDB2PQR, oppure fare clic sulla casella di controllo per visualizzare le opzioni avanzate (vedi sotto). Riga di comando utilizzando il file di input APBS generato da PDB2PQR (sia attraverso la riga di comando o scaricato dal server web), è possibile eseguire APBS direttamente dalla linea di comando come segue: PyMOL APBS plugin Il PyMOL grafica molecolare pacchetto software può sia eseguito APBS e visualizzare risultante potenziali elettrostatici. Qui di seguito sono riportate le istruzioni per l'esecuzione di una dimostrazione di base di come passare da una voce PDB ad un terreno di struttura e potenziale in PyMOL usando APBS. Generazione del PQR generare il file PQR utilizzando la procedura descritta in Come Strutture Pronto Bene continuare l'esempio con fasciculin-2 (PDB ID 1FAS), una neurotossina serpente che lega l'acetilcolinesterasi caricata negativamente. Caricare il file PQR si è creato in PyMOL (File Open) e scegliere il vostro preferito rappresentazione grafica della struttura molecolare. L'esecuzione delle elettrostatica calcuation Vai al plugin APBS Strumenti per aprire il plugin di calcolo APBS. Nella scheda principale della finestra PyMOL APBS Strumenti, selezionare Usa un altro PQR e sia individuare (attraverso il Scegli PQR Esternamente Generated: tasto) o inserire il percorso del file PQR. Questo passaggio è necessario per assicurarsi di utilizzare i raggi e gli oneri assegnati da PDB2PQR. Nella scheda Location APBS della finestra PyMOL APBS Strumenti, sia individuare (attraverso il APBS posizione binario: tasto) o ingresso il percorso binario APBS locale. Non è necessario fornire un percorso per il psize. py binario APBS per molte biomolecole. Nella scheda temporanea delle posizioni dei file della finestra PyMOL APBS Strumenti, personalizzare le posizioni dei vari file temporanei creati durante la corsa. Questo può essere utile se si desidera salvare i file generati per un uso successivo. Nella scheda Configurazione della finestra PyMOL APBS Strumenti, ha colpito la griglia Imposta per impostare le distanze della griglia. I valori di default sono in genere sufficienti per tutti, ma le biomolecole più alta carica. Nella scheda Configurazione della finestra PyMOL APBS Strumenti, personalizzare i restanti parametri i valori di default di solito sono OK. Nella scheda Configurazione della finestra PyMOL APBS Strumenti, premere il pulsante Esegui APBS per avviare il calcolo APBS. A seconda della velocità del computer, questo potrebbe richiedere alcuni minuti. Il pulsante Run APBS diventeranno non selezionati quando il calcolo è finito. Si noti che 0.150 M concentrazioni per le specie 1 e 1 di ioni sono spesso utili per garantire che le proprietà elettrostatiche non sono eccessivamente exaggerated. Electrostatics in PyMOL Qualche lavoro è stato fatto per aggiungere la visualizzazione di superfici potenziale elettrostatico a PyMOL. Michael Lerner presso l'Università del Michigan ha scritto alcuni PyMOL componenti aggiuntivi che permettono PyMOL di interfacciarsi con il programma di calcolo elettrostatica APBS. Si può impostare un calcolo APBS dall'interno PyMOL, quindi visualizzare le isosuperfici positivi e negativi che ne derivano. Per utilizzare questa versione speciale del PyMOL nel Nucleo su una workstation Linux, digitare semplicemente: Quindi, dal menu guidata, selezionare APBS Strumenti per impostare un modello elettrostatico e di calcolo, e selezionare Elettrostatica per visualizzare e personalizzare i risultati. Ognuno di questi maghi ha un pulsante di aiuto nel caso degli strumenti APBS, il display aiuto è effettivamente utile. Una struttura di base di come procedere: utilizzare il sito web presso il San Diego Supercomputing Center per convertire un file PDB nel formato PQR necessario per APBS. Inizia PyMOL e selezionare APBS Tools dal menu Wizard Nella riga di comando PyMOL, usare loadpqr file. pqr per leggere nel PQR creato in precedenza. A sinistra cliccare e tenere premuto il pulsante APBS Strumenti sul lato destro dello schermo per visualizzare un sottomenu a comparsa. Selezionare Configura per inserire la configurazione per un lavoro APBS. Si potrebbe desiderare di esaminare la documentazione in linea APBS. A sinistra cliccare e tenere premuto il APBS Strumenti per selezionare Calcola. Fare clic sul pulsante Calcola, e aspettare un po ', a seconda delle dimensioni del vostro molecola. Una volta APBS ha finito, un apbsmap sarà stata caricata che contiene i risultati. Se avete già eseguito APBS su un modello e avere un file. DX, è possibile saltare la fase di calcolo. Dopo aver caricato il Strumenti guidata APBS, caricare la mappa esistente tramite: Selezionare elettrostatica dal menu guidata dal wizard elettrostatica, è possibile selezionare diversi livelli di potenzialità positive e negative. È inoltre possibile attivare su una superficie neutra per l'intera molecola utilizzando il tampone VDW. Se si desidera visualizzare un livello isosuperficie che è neanche nella lista popup, utilizzare i seguenti comandi: dove Level rappresenta il valore assoluto del livello desiderato. Per rendere le superfici trasparenti, utilizzare il comando di trasparenza: ad esempio, Per modificare la trasparenza a valori diversi per le diverse isosuperfici, utilizzare il nome della superficie: ad esempio, Sul sito non che questi strumenti sono il risultato di someones personalizzazioni personali di una versione obsoleta di PyMOL, ottimizzato per lavorare nel Nucleo. Si noti inoltre che il programma APBS è attualmente in versione 0.3.1. Tutto ciò significa che questi strumenti sono un lavoro approssimativo in corso. Se doesnt sembrano fare qualcosa di giusto, probabilmente non posso farlo bene. Il nucleo di personale non è in grado di fornire una guida dettagliata con questi strumenti. Ritorna alla principale PyMOL page. APBS, PDB2PQR, PyMol, VMD Sommario: Introduzione ai PDB2PQR Seguire le istruzioni nostre strutture Ottenere pagina Pronto per accedere al server web PDB2PQR on-line. Questo programma cambia il file PDB per il formato PQR, aggiungendo atomi di idrogeno mancanti, alcuni atomi pesanti mancanti, e l'ottimizzazione della struttura delle proteine. In primo luogo, seguire le istruzioni sul link qui sopra per andare al sito web PDB2PQR. Si dovrebbe già avere una forma di proteine ​​selezionato pdb. org in mente. (Il mio esempio avverrà utilizzando la 2HNY proteine) Dal momento che voglio che il mio file per essere compatibile con VMD, per le impostazioni entrambe di nome Scegli un campo di forza da utilizzare: e scegliere un'uscita schema di denominazione da utilizzare, scegliere l'opzione CHARMM (PARSE funziona così ). Per eseguire con APBS, è necessario modificare l'impostazione in pdb2pqr per inserire spazi bianchi tra nome atomo e il nome del residuo, tra X e Y e tra Y e Z con PDB2PQR, purtroppo il programma elimina eventuali ligandi randagi che si trovano nella molecola, il che significa mutare di conseguenza un file MOL2 deve essere presa (che la maggior parte sono disponibili sul sito web del database ZINC). Il download di un file PDB o PQR per linea APBS Dopo aver eseguito PDB2PQR dal sito web, cliccare sul file in File di ingresso etichettato qualcosa di simile 14084693082.pdb (il numero sarà diverso, ma avrà un PDB fine). Questo dovrebbe iniziare un download (E 'utile per rinominare il file per 1FAS. pdb perché si confonde quando si hanno molte stringhe diverse di numeri per diverse proteine) Ora è necessario scaricare lo stesso file numerato in file di output (la mia si chiama 1.408.469,302 mila. PQR). Questa volta non è possibile fare clic su di esso (come sarà solo portare la una pagina web con tutte le informazioni contenute nel file. È necessario fare clic destro e Salva collegamento come questa volta. Assicurarsi inoltre che il file scaricato termina con un. pqr ma ancora una volta il numero non sarà lo stesso di quello in figura. Introduzione a APBS APBS è uno strumento utile per individuare il campo elettrostatico di una proteina. Alcuni componenti devono essere in vigore per APBS lavorare inclusi gli spazi bianchi deve essere sul posto come per eseguire una proteina attraverso APBS (on-line) i passi seguire la stessa procedura nel fare una struttura modello della proteina PDB2PQR, tranne che per una piccola differenza. Quindi, fare clic su Invia, e vi porterà alla pagina per la proteina PDB2PQR runned. Sulla parte inferiore della pagina, fare clic e attendere APBS è fatto in esecuzione quindi scaricare il file. dx. gz, e che è la fine della sessione APBS Nota:.. Decomprimere il file. dx. gz può essere fatto utilizzando un qualsiasi programma di decompressione Impostazione il computer per APBS responsabilità: questo è per gli utenti Windows () al fine di eseguire APBS utilizzando riga di comando, è necessario scaricare prima il binario APBS da sourceforgeprojectsapbs così come scaricare l'ultima versione di Python 2 di rilascio (python. orgdownloadreleases2. 7.2 a partire da 882.014). Perché usare la linea di comando Si dà all'utente molto più potere su di funzioni eseguibili, decomprime immediatamente il file, ed è abbastanza semplice da usare. Per rendere la directory, è sufficiente copiare e incollare C: Python27C: Python27ScriptsC: Utilpdb2pqr-windows-bin-1.9.0C: apbsbin e fare clic su OK. È ora possibile eseguire APBS Come eseguire APBS dalla riga di comando DISCALIMER: QUESTO TUTORIAL sta utilizzando un computer Windows e Windows Prompt dei comandi In primo luogo, prima di eseguire APBS attraverso la linea di comando, è necessario assicurarsi che i file proteina desiderata si trovano nella stessa cartella le APBS Prompt dei comandi. Se APBS scaricato correttamente, dovrebbe essere nella vostra unità C () quando si apre computer dal menu di avvio. Fare clic sulla cartella APBS, e nella cartella APBS creare una nuova cartella per tutte le proteine ​​si prega di etichettare la cartella di conseguenza, e ricorda il nome della cartella. E 'importante ricordare, che quando mette i file di proteine ​​nella cartella, è necessario mettere sia il PQR, nonché il corrispondente nel file. PQR e IN file possono sia essere ottenute presso il server web PDB2PQR. (Un file PQR sono le informazioni sulla proteina, mentre il file in un file di comando che indica APBS come calcolare i campi elettrostatici. La In file è unica per un file PQR (come specifica i comandi ad un solo file PQR) e detiene anche altre informazioni, come le dimensioni e le caratteristiche di calcolo. Entrambi i file sono necessari per eseguire APBS) Un esempio del server web pdb2pqr e il PQR e nei file Ora che le cartelle sono impostati, è possibile aprire la riga di comando. Per aprire il menu Start, digitare cmd. exe e aprire il prompt dei comandi Questa è l'esecuzione riga di comando per APBS. Il prompt dei comandi dovrebbe essere qualcosa di simile a questo: Ora, lo spazio tipo, cd, spazio, APBS e premi invio. Si è ora nella cartella APBS. Per arrivare alla cartella di proteine, digitare cd, spazio, quindi digitare la prima lettera del nome della cartella e scheda colpire fino a quando il nome della cartella si apre. Poi premere invio (Quello che il tasto Tab non è trovare tutti i file che iniziano con le lettere digitate, ad esempio, se si è digitato i, quindi la scheda, il prompt dei comandi andrebbe giù, in ordine alfabetico, tutti i file nella cartella che si avvia con i) Ora che siete nella cartella con il PQR e in file, utilizzando la scheda ShortKey (come detto sopra), digitare la prima lettera del desiderato nel file. Questo è molto importante APBS non ha bisogno del file PQR, avrà bisogno del file per fare funzionare. Una volta trovato il file in, premere invio e APBS verrà eseguito i suoi calcoli e salvare un file di DX (file contenente le coordinate campi elettrostatici) nella cartella. Si è fatto in esecuzione APBS dimensioni della memoria e del valore centesimo problemi potenziali È possibile trovare i valori dime passando attraverso il file di input (.in). È possibile modificare i valori DIME di un file APBS passando attraverso un editor di testo e modificare manualmente i valori di default. L'immagine qui sopra mostra un esempio. in file, che può essere ottenuto dopo l'esecuzione PDB2PQR sulla proteina desiderata. valori dime sono le dimensioni della griglia XYZ per la proteina. Ogni punto della griglia richiede circa 160B della memoria, e per ottenere il numero totale se punti griglia, x, y, z elementi di rete si moltiplicano. I itera solutore multi-griglia su tutti questi elementi per trovare il potenziale elettrostatico in ciascuna di queste località. I valori predefiniti in dime PDB2PQR si basano sulle dimensioni della proteina. Per espandere su valori DIME, dal momento che un computer sa solo di 1 e 0 convenzione è usato per codificare e decodificare i valori ai bit e byte in memoria questo è spesso chiamato un sistema di tipo. Un byte a 8 bit ha otto slot per un po '(1 o 0), pertanto, se si stanno prendendo in considerazione solo i numeri positivi, si può tenere un valore compreso tra 0 (00000000) e 28 1 (11111111), che è 255 (anche se 28 è 256, e dobbiamo sottrarre uno perché 0 occupa uno slot). Il problema è che APBS utilizzato un intero con segno nella versione 1.4 per memorizzare il numero totale di elementi. Se il totale ottenuto maggiore di 2 (n-1) - 1, dove n è la larghezza del numero intero (nel nostro caso un'ampia int 32 bit in modo 2 (n-1) 2,147,483,648) allora il numero di overflow e sembrava negativo numero. APBS e visualizzazione La proteina necessaria per questo tutorial PyMol (1FAS a. k.a Fasciculin-1). Fasciculin-1 è un acetilcolinesterasi (questo composto termina la comunicazione tra le cellule muscolari), un inibitore trovato nel veleno del mamba verde. In questo modo il potenziale d'azione per andare uncurbed che provoca piccole contrazioni muscolari involontarie (paralizza il soggetto iniettato). Per impostare la molecola seguire l'Introduzione alla PDB2PQR istruzioni di cui sopra.